Fakultas Kesehatan Masyarakat didirikan untuk menyediakan tenaga-tenaga ahli kesehatan masyarakat yang mampu menangani masalah-masalah kesehatan masyarakat di wilayah Sumatera Bagian Tengah khususnya dan Indonesia umumnya.
Pada tahun 1981 gagasan untuk mendirikan sebuah Fakultas Kesehatan Masyarakat untuk wilayah Sumatera Bagian Tengah telah pernah diajukan oleh dr. H. Zulkarnain Agus, MPH, MSc sebagai Kepala Bagian Ilmu Gizi Fakultas Kedokteran Universitas Andalas dan dr. Bastian Manalu (alm) pada waktu itu sebagai Kepala Bagian PH (Public Health) Fakultas Kedokteran Universitas Andalas. Untuk merealisasikannya pada tahun 1983 dibuat sebuah proposal tentang kebutuhan untuk mendirikan Fakultas Kesehatan Masyarakat (FKM) yang diajukan ke Rektor Universitas Andalas dan didukung oleh Walikota Padang saat itu yaitu Syahrul Ujud, SH. Pada tahun yang sama diundang dr. Sudjana Jatiputra, MPH dari Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Indonesia (FKM UI) untuk mempelajari kemungkinan mendirikan FKM Universitas Andalas dan dr. Sudjana Jatiputra, MPH merekomendasikan untuk berdirinya FKM Universitas Andalas tetapi tidak segera ditindaklanjuti oleh Fakultas Kedokteran dan Universitas Andalas sendiri.
Dengan adanya Undang-undang No. 22 tahun 1999 tentang otonomi daerah dimana proses perencanaan dan pembinaan kesehatan didesentralisasikan ke kabupaten/kota, sehingga dibutuhkan sumber daya manusia kabupaten/kota yang berkualifikasi dan siap menerima otonomi daerah. Untuk itu perlu disiapkan tenaga ahli dibidang kesehatan masyarakat yang handal. Berdasarkan hal tersebut pada tahun 1999 dibuat kembali proposal tentang pendirian Fakultas Kesehatan Masyarakat Fakultas Kedokteran Universitas Andalas oleh beberapa dosen IKM dan Ilmu Gizi Fakultas Kedokteran Universitas Andalas yang diajukan ke CHS (Consorsium Health Sciences). CHS mengirim Prof. DR. Amal Sa’af, MPH staf ahli CHS untuk melakukan visitasi ke IKM dan Ilmu Gizi Fakultas Kedokteran Universitas Andalas. Hasil pertemuan tersebut ditindaklanjuti dengan mengadakan lokakarya I pada tanggal 8 Mei 1999 membahas tentang struktur organisasi Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Andalas. Kemudian dilanjutkan dengan lokakarya II membahas tentang proses belajar mengajar. Lokakarya I dan II (10 Juli 1999) ini diadakan di Aula Fakultas Kedokteran Universitas Andalas yang dihadiri oleh Prof. DR. Amal Sa’af, MPH dan diikuti 35 dosen Fakultas Kedokteran Universitas Andalas. Prof. DR. Amal Sa’af, MPH merekomendasikan supaya Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Andalas dapat dibuka tahun itu.
Hasil kedua lokakarya adalah tersusunnya kurikulum dan silabus proses belajar mengajar di Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Andalas. Pada waktu itu disetujui pembukaan tiga peminatan yaitu Epidemiologi, Gizi Masyarakat dan Administrasi dan Kebijakan Kesehatan (AKK). Selanjutnya hasil lokakarya tersebut dikirimkan ke CHS.
Setelah melalui proses panjang, pada tahun 2000 Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Andalas berdiri dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Dirjen Perguruan Tinggi No. 400/DIKTI/Kep/2000 tanggal 30 November 2000. Setelah keluarnya SK Dikti tersebut maka dilakukan sosialisasi ke wilayah Sumatera Bagian Tengah (Sumbar, Riau, Jambi dan Bengkulu) tentang maksud dan tujuan dari pendirian Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Andalas. Tujuan pembentukan Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Andalas saat itu adalah sebagai berikut :
- Untuk mempersiapkan tenaga terampil dibidang kesehatan masyarakat setingkat S1 di wilayah Sumatera Bagian Tengah untuk menghadapi otonomi daerah dalam memecahkan masalah kesehatan masyarakat secara kritis, kreatif, inovatif dan bermoral.
- Mendukung program pembangunan pemerintah dalam mengembangkan potensi masyarakat melalui sektor perguruan tinggi.
Pada awal berdirinya (tahun akademik 2000/2001), Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Andalas menerima mahasiswa sejumlah 59 orang melalui jalur B1 (reguler), dengan 2 peminatan yaitu peminatan Gizi Masyarakat dan AKK. Pada tahun 2001 dibuka 3 peminatan yaitu peminatan Gizi Masyarakat, AKK dan Epidemiologi serta dibukanya jalur B2 (reguler mandiri). Mulai tahun ajaran 2004/2005 dibentuk peminatan baru yaitu peminatan Kesehatan Reproduksi.
Pada tahun 2006, Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Andalas mulai menerima mahasiswa melalui Seleksi Penerimaan Mahasiswa Baru (SPMB) atau disebut Jalur A dengan jumlah mahasiswa sebanyak 40 orang. Jumlah mahasiswa yang masuk ke Fakultas Kesehatan Masyarakat sampai tahun ajaran 2008/2009 sebanyak 1275 orang. Tahun ajaran 2008/2009, jumlah mahasiswa aktif di Jalur A sebanyak 179 orang sedangkan Jalur B sebanyak 221 orang.
Perkuliahan semester pertama pada tahun 2000 sampai tahun 2003 diadakan di Gedung Fakultas Teknik Kampus Universitas Andalas Air Tawar, dan semester berikutnya diadakan di gedung Fakultas Kedokteran Universitas Andalas. Pada bulan November 2003, dimulai pembangunan Gedung Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Andalas. Tahun ajaran 2004/2005 perkuliahan mulai berjalan secara penuh di Gedung Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Andalas Jl.Perintis Kemerdekaan Padang.
Awal berdiri tahun 2000 sampai dengan 2003, staf pengajar Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Andalas berasal dari staf pengajar Fakultas Kedokteran terutama dari Bagian Gizi dan Bagian Ilmu Kesehatan Masyarakat serta dari institusi kesehatan. Saat ini, staf pengajar/dosen tetap Fakultas Kesehatan Masyarakat berjumlah 22 orang.
Wisuda pertama Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Andalas diadakan pada tanggal l9 Oktober 2002 dengan jumlah lulusan sebanyak 55 wisudawan/wati. Sampai wisuda I Tahun Akademik 201/2010 tanggal 15 Agustus 2011, jumlah lulusan Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Andalas sebanyak 1109 wisudawan/wati.